Museum Sophiahof wordt bestuurd door de Stichting beheer Sophiahof. Het bestuur bestaat uit Erwin Sjoerdsma en Robert Wardenaar. Samen met directeur-beheerder Reinier van Ooijen zijn zij verantwoordelijk voor het beheer, onderhoud en de instandhouding van Museum Sophiahof.

De stichting heeft ook een raad van toezicht, bestaande uit: voorzitter John Sijmonsbergen, Kaja Sariwating en Silfraire Delhaye.