Museum Sophiahof wordt bestuurd door de Stichting beheer Sophiahof. Momenteel is Erwin Sjoerdsma lid van het bestuur. Samen met directeur-beheerder Reinier van Ooijen is hij verantwoordelijk voor het beheer, onderhoud en de instandhouding van Museum Sophiahof.

De stichting heeft ook een raad van toezicht, bestaande uit: voorzitter John Sijmonsbergen, Jim van der Meer Mohr, Kaja Sariwating en Silfraire Delhaye.