Museum Sophiahof wordt bestuurd door de Stichting beheer Sophiahof. Het bestuur bestaat uit Erwin Sjoerdsma (voorzitter), Robert Wardenaar (penningmeester) en Kirstin Poot.

De stichting heeft ook een raad van toezicht, bestaande uit: voorzitter John Sijmonsbergen, Kaja Sariwating en Silfraire Delhaye.