Museum Sophiahof wordt bestuurd door de Stichting beheer Sophiahof, bestaande uit Sandra Mulder (voorzitter) en Erwin Sjoerdsma (penningmeester a.i.).

Samen met directeur-beheerder Reinier van Ooijen zijn zij verantwoordelijk voor het beheer, onderhoud en instandhouding van Museum Sophiahof.

De stichting heeft ook een raad van toezicht bestaande uit: voorzitter John Sijmonsbergen, Harriet Ferdinandus, Jim van der Meer Mohr, Kaja Sariwating en Silfraire Delhaye.